Mycobacterium tuberculosis-complexe PCR

Quelle analyse effectuons-nous?

Pour les échantillons pulmonaires, le liquide cérébrospinal et les échantillons extra-pulmonaires avec suspicion d’une résistance à la rifampicine: Xpert MTB/RIF.

• L’Organisation Mondiale de la Santé recommande le test comme outil de diagnostic primaire pour (i) tous les cas suspects de tuberculose multi-résistante, (ii) tous les cas de VIH-positifs suspects de la tuberculose et (iii) tous les cas suspects de méningite tuberculeuse (OMS /HTM/TB/2013.16),
• A l’IMT le test a été validé pour les prélèvements pulmonaires

Pour les échantillons extra-pulmonaires sans suspicion d’une résistance à la rifampicine: Extraction d’ADN suivie d’une PCR nichée, basée sur le gène codant pour l’ARNr 16S, avec des amorces spécifiques pour le genre Mycobacterium et des amorces spécifiques pour le complexe M. tuberculosis.

• Pour les mycobactéries atypiques (NTM) l’identification au niveau de l’espèce, ce fait par séquençage en cas d’un PCR positive avec des amorces spécifiques pour le genre Mycobacterium.

Pour les cas suspects de M. leprae ou M. ulcerans: PCR (à temps réelle) spécifique.

Instructions concernant les prélèvements

Possible sur expectoration, lavage bronchial, aspiration bronchiale, liquide lombaire, biopsie, pus, liquide gastrique, urine, sperme, liquide de ponction.

A minimum volume of 1 ml is required.

Les analyses PCR ne sont pas effectués pour des échantillons prétraitées par formaldéhyde.

Conditions de conservation

Les échantillons doivent être conservés au réfrigérateur (2-8°C).
L’envoi des échantillons a lieu à température ambiante.

Les échantillons peuvent être conservées et envoyées sans additives, ou en présence de l’eau physiologique stérile.

Remarques et conseils importants

Attention: Xpert MTB/RIG ne permet pas la détéction des mycobacéries atypiques (NTM): suspect de NTM nécessite une demande explicite pour qu’on puisse effectuer le PCR nichée; effectuant l’Xpert MTB/RIF, il reste insuffissemment d’écantillon pour effectuer ce PCR nichée en plus.

Suspect de M. leprae ou M. ulcerans nécessite une demande explicite.

Limite de détection:

• Xpert MTB/RIF: 131 CFU/ml (étude sur crachat infecté expérimental) ou 10-100 CFU/mL (sur crachats concentrés)
• PCR nichée: 100 bacilles/échantillon de 200µl.

Veuillez indiquer si l’art. 24bis est applicable.

Si ces conditions ne sont pas remplies, l’analyse sera uniquement effectuée lorsque la demande est accompagnée d’une motivation pertinente.

Si une culture est également requise, les échantillons ne peuvent pas avoir plus de 7 jours.

Une culture ne peut être réalisé lorsque la volume d’echantillon le permet.