Mycobacterium tuberculosis complexe et mycobactéries non tuberculeuses détection par PCR

Quelle analyse effectuons-nous?

• En cas de suspicion d’infection à tuberculosis -complexe
  • Pour les échantillons pulmonaires, le LCR et les échantillons non pulmonaires en cas de forte suspicion de tuberculose résistante à la rifampicine : GeneXpert MTB/RIF Ultra.
  • Pour les échantillons non pulmonaires (à l’exception du LCR) sans suspicion de tuberculose résistante à la rifampicine : extraction d’ADN suivie d’une qPCR interne basée sur le gène IS6110/16SrRNA.
• En cas de suspicion d’infection par leprae : RLEP-qPCR & RLPM-qPCR
• En cas de suspicion d’infection par ulcerans : IS2404-qPCR.
• En cas de suspicion d’autres mycobactéries atypiques (non tuberculeuses) : PCR basée sur le gène de l’ARNr 16.
  • Identification complémentaire de l’espèce par séquençage d’une PCR positive.

Instructions concernant les prélèvements

• Possible sur expectorations, lavage bronchique, aspiration bronchique, LCR, pus, liquide gastrique, liquide lombaire, liquide de ponction. Un volume minimum de 1 ml est recommandé.
• Les biopsies doivent être prélevées de manière stérile et envoyées à sec. En cas de demande conjointe avec Leishmania, le prélèvement doit être placé immédiatement après le prélèvement dans 1 ml de solution physiologique stérile pour le transport.
• Possible sur l’urine. Un volume minimum de 2 ml est recommandé.
• Les analyses PCR ne sont pas effectuées à partir d’échantillons/de blocs de paraffine traités au formol.

Extraits d’ADN délivrés, de préférence avec l’ajout d’un contrôle négatif d’extraction d’ADN provenant du même cycle d’extraction.

Conditions de conservation

Les échantillons ou les extraits d’ADN sont conservés au réfrigérateur (2-8°C). Les
échantillons ou les extraits d’ADN sont expédiés à température ambiante.

Les échantillons doivent être conservés et envoyés sans ajout d’additifs, ou avec une solution physiologique stérile en cas de demande conjointe avec Leishmania.

Remarques et conseils importants

GeneXpert MTB/RIF Ultra permet également de déterminer la résistance à la rifampicine.

La suspicion de mycobactéries atypiques (MNT) doit être spécifiquement mentionnée. GeneXpert MTB/RIF Ultra ne permet pas de détecter les MNT et aucun échantillon résiduel n’est conservé pour d’autres analyses.

La suspicion de M. leprae ou M. ulcerans doit être spécifiquement mentionnée dans la demande.

Si vous souhaitez également une culture, les échantillons ne doivent pas dater de plus de 7 jours. Une culture supplémentaire n’est possible que si l’échantillon fourni est suffisant.

Veuillez indiquer si l’article 24 bis s’applique. Si ces conditions ne sont pas remplies, l’analyse ne sera effectuée que si la demande est accompagnée d’une justification solide.

Limite de détection :

• GeneXpert MTB/RIF Ultra : 16 UFC/mL (échantillons de crachats infectés expérimentalement) ou 10-100 UFC/mL (échantillons concentrés)
• qPCR IS6110 interne : 100 bacilles/200µl d’échantillon.
• RLEP-qPCR : 30 copies/2µL d’extrait d’ADN
• IS2404-qPCR : 100 bacilles/200µl d’échantillon